口腔微生物是定植于人体口腔的微生物集合，包含大量的细菌、病毒和真菌等微生物。口腔微生物群落的组成和变化均与宿主的年龄、饮食习惯、咀嚼器官的健全有着密切的关系。 人口腔复杂的结构、温和的理化性质、适宜的温度、湿度及丰富的营养来源，为口腔内 700多种微生物的定居、生长和繁殖提供了非常适宜的环境。
在正常的生理状态下，口腔中的微生物是有益的，不致病的。而且口腔正常菌群还能够作为生物屏障抑制外源性微生物，从而有助于维持口腔或全身微生物生态平衡，有助于刺激宿主免疫系统，协助吸收口腔摄入的营养。
人的口腔内含有大量的益生菌群，它们是抵御病毒的重要屏障之一。如果口腔微生态处于“失守”状态，那么，口腔黏膜的“防疫工事”就极易被病毒攻破，人体的各个系统都将遭到无情打击。
大剂量或长期应用抗生素，特别是广谱抗生素，在对致病敏感菌杀灭或抑制的同时，其他不敏感菌则借机翻身，大量生长繁殖。此类无害菌在正常情况下，本来可以和人体和平共处，但由于菌群“此消彼长”，角色互换，随着敏感菌的“退群”，无害菌则不再被压制，摇身一变，转化为致病性菌，或者可以被视为“原发感染菌的耐药菌株”。临床上，抗生素的不良反应及毒性反应包括肝肾毒性和神经、血液系统损害，以及变态反应和二重感染。
大多数感染者为轻型或普通型疾病，经科学治疗可逐步康复；但大约有5%的病例会发展为重症至危重症。这其中，严重的新冠肺炎主要并发症，例如肺炎和急性呼吸窘迫综合征，被怀疑是由细菌过度感染造成的。此外，死亡的重型新冠肺炎患者中，有50%伴有继发性细菌感染。而细菌二重感染和抗生素的使用，对引发新冠肺炎并发症无疑起到了“推波助澜”的作用。